上元門站為南京地鐵三號線的中間站、江南的第一個站，車站位于中央北路與燕江路、永濟大道的交叉路口，大致呈南北方向沿中央北路跨路口設置。該車站由于地質條件復雜等因素，成為影響三號線土建施工工期的主要原因，本車站自2010年年底開始施工，至2014年7月29日，最后一塊底板順利封閉。

該車站自北向南共分為23軸，1-8軸為北端大盾構井，作為上元門站的一期基坑，為江北過江大盾構接收井，施工較順利。8-23軸為車站二期基坑，按照原設計豎向設置6道支撐+1道換撐，第一道支撐采用間距6m的混凝土支撐600×800mm，臨時路面板下局部采用800×1000mm混凝土支撐。第四、第五道支撐采用水平間距3m、φ800 t=16mm的鋼管支撐，其余均采用水平間距3m、φ609 t=16mm的鋼管支撐。在后續(xù)的土方過程中，由于地質條件復雜、監(jiān)測數(shù)據(jù)持續(xù)異常、坑內(nèi)發(fā)生了管涌等因素，施工一度陷入僵局。經(jīng)過地質詳勘后，發(fā)現(xiàn)位于17軸附近存在一條較大的地質破碎帶，嚴重影響施工安全。為了保證施工有序開展，經(jīng)過專家論證后將第四、五道鋼管支撐換成了混凝土支撐，基坑內(nèi)采用注漿的形式遏制管涌，此舉雖然有效減小了監(jiān)測數(shù)據(jù)的持續(xù)增大但仍然無法從源頭上消除管涌現(xiàn)象。經(jīng)過地鐵公司的協(xié)調(diào)，請來院士錢七虎的專家為下步施工建言獻策，經(jīng)過專家的意見采用聚氨酯注漿技術后，邊注漿邊開挖，即使管涌現(xiàn)象得到了有效控制，也保證了施工的有序開展。